A disponibilização dos recursos ocorre por meio de agentes federais, estaduais e bancos de desenvolvimento regionais.
No âmbito federal/nacional, deve-se destacar a Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), o Banco Nacional do Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES), a Empresa Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial (Embrapii) e a Confederação Nacional da Indústria (CNI).
Finep, atualmente é a principal agência de inovação do país. Opera com recursos públicos na forma de crédito subsidiado para empresas privadas e com subvenção econômica para indústrias, universidades e ICT públicas e privadas. Fomenta ciência básica e aplicada e atua em todo o ciclo de inovação, promovendo ações estratégicas, estruturantes e de impacto para o país;
CNPq, embora seja mais conhecido no meio acadêmico, por fomentar pesquisa científica e capital humano (financiando bolsas de mestrado, doutorado e de produtividade em pesquisa), o órgão possui iniciativas voltadas à inovação, atuando na aproximação entre universidades e o setor privado. À citar o Programa RHAE (Recursos Humanos em Áreas Estratégicas) e o Programa Inova Talentos. O RHAE é voltado para a inserção de mestres e doutores em micro, pequenas e médias empresas e startups para resolver desafios tecnológicos reais. O Inova Talentos, em parceria com o Instituto Euvaldo Lodi (IEL/CNI), seleciona graduados, mestres e doutores para atuar em projetos de inovação em empresas de médio e grande porte.
BNDES, cujos investimentos se dão em todos os segmentos da economia, cujas inovações promovem o desenvolvimento tecnológico, social e cultural. Assim, oferecem financiamentos reembolsáveis e não reembolsáveis a projetos para adoção de novas tecnologias e modernização industrial, incluindo a aquisição de equipamentos, bem como para a exportação de bens e serviços.
EMBRAPII, organização social de direito privado e sens fins lucrativos para estimular a inovação e o desenvolvimento tecnológico na indústria brasileira. Atua por meio de centros e instituições de excelência científica e tecnológica cadastradas, denominadas Unidades EMBRAPII. A EMBRAPII desburocratizou o acesso a recursos não reembolsáveis ao dispensar as empresas da participação em uma chamada pública. Ou seja, uma empresa pode contatar uma Unidade EMBRAPII a qualquer momento e iniciar um projeto de P,D&I. Os custos deste projeto são divididos entre a EMBRAPII, a unidade EMBRAPII e a empresa, geralmente na proporção 1/3, 1/3 e 1/3. E o aporte pode ser menor para MPE quando há envolvimento do Sebrae.
No âmbito estadual, destacam-se as Fundações de Amparo à Pesquisa (FAP), atuando em: (i) fomento à pesquisa científica e tecnológica e à inovação; (ii) apoio à formação de recursos humanos qualificados para pesquisa; (iii) fomento à interação entre os centros geradores do conhecimento e os setores economicamente produtivos. E dentre as FAP vale citar a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP).
FAPESP, serve como modelo de referência para a criação e estruturação de outras FAP nos demais estados brasileiros. Mantém diversos acordos internacionais de cooperação com agências de fomento estrangeiras e universidades globais, além de programas de incentivo à inovação, como o programa PIPE (Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas). O PIPE é voltado para o financiamento de pesquisa e inovação tecnológica em pequenas empresas e startups no Estado de São Paulo; injeta recursos financeiros diretamente em empresas com até 250 funcionários para que estas desenvolvam produtos, processos ou serviços comercialmente viáveis a partir de uma base científica sólida.
No que concerne aos bancos de desenvolvimento regionais, estes foram criados para atenuar desequilíbrios regionais por meio de linhas de financiamentos. Destes, cabe mencionar o Banco da Amazônia (BASA), o Banco do Nordeste (BNB), o Banco de Desenvolvimento de Minas Gerais (BDMG), a Desenvolve SP, a AgeRio e o Banco Regional de Desenvolvimento do Extremo Sul (BRDE). Algumas das linhas de financiamento operadas por esses agentes são destinadas exclusivamente ao apoio à inovação, podendo ser um instrumento de operação indireta do BNDES ou da Finep para empresas de menor porte.
Há também outro integrante fundamental da política de fomento à inovação, o Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas (Sebrae). Uma entidade privada sem fins lucrativos, cuja missão é promover a competitividade e o desenvolvimento sustentável dos empreendimentos de micro e pequeno porte. Dentre as suas iniciativas de inovação estão o Sebraetec, inclusive com parceria com a Embrapii, que oferece consultorias e subsídios de até 70% dos investimentos para micro e pequenas empresas; o Sebrae Startups, plataforma nacional que conecta empreendedores a mentores, capacitação, grandes corporações e oportunidades de mercado; e o Ecossistemas Locais de Inovação (ELI), metodologia aplicada para estruturar ambientes empreendedores, espaços maker, coworkings e redes de inovação em diversos municípios.